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<!DOCTYPE html>

<title>DamID</title>

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<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">DamID</span></h1>

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</div>

<p><b>DamID</b> (<a href="Englische_Sprache" title="Englische Sprache">englisch</a> <i>DNA adenine methyltransferase identification</i>) ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von <a href="Protein-DNA-Interaktion" title="Protein-DNA-Interaktion">Protein-DNA-Interaktionen</a> in <a href="Eukaryoten" title="Eukaryoten">Eukaryoten</a>.<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Prinzip">Prinzip</h2></div>

<p>Die <a href="DNA-Sequenz" class="mw-redirect" title="DNA-Sequenz">DNA-Sequenzen</a>, an die Proteine binden, werden durch ein <a href="Fusionsprotein" title="Fusionsprotein">Fusionsprotein</a> des <a href="DNA-bindendes_Protein" class="mw-redirect" title="DNA-bindendes Protein">DNA-bindenden Proteins</a> und einer <a href="DNA-Methyltransferase" class="mw-redirect" title="DNA-Methyltransferase">DNA-Methyltransferase</a> (Dam) nachgewiesen.<sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-4" class="reference"><a href="#cite_note-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Nach der Bindung des DNA-bindenden Proteins erfolgt eine <a href="Methylierung" title="Methylierung">Methylierung</a> von <a href="Adenosin" title="Adenosin">Adenosin</a>-Resten in benachbarten GATC-Sequenzen durch die angehängte DNA-Methyltransferase zu N6-Methyladeninresten, welche sonst nicht in Eukaryoten vorkommen.<sup id="cite_ref-5" class="reference"><a href="#cite_note-5"><span class="cite-bracket">[</span>5<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Durch die Identifikation der methylierten Adenosine werden die DNA-Sequenzen der Binding bestimmt. Die teilweise methylierte DNA wird mit der <a href="Restriktionsendonuklease" class="mw-redirect" title="Restriktionsendonuklease">Restriktionsendonuklease</a> <i>Dpn I</i> versetzt, welche DNA an methylierten GATC-Sequenzen schneidet. Die Enden der DNA-Fragmente werden mit <a href="Oligonukleotid" class="mw-redirect" title="Oligonukleotid">Oligonukleotiden</a> <a href="Ligation" title="Ligation">ligiert</a>. Diese markierte DNA wird in einer <a href="Polymerasekettenreaktion" class="mw-redirect" title="Polymerasekettenreaktion">Polymerasekettenreaktion</a> mit <a href="Primer" title="Primer">Primern</a> vervielfältigt, deren Sequenzen jeweils komplementär zu den angefügten Oligonukleotiden sind. Dadurch werden nur Sequenzen vervielfältigt, die an eine DNA-Methylierung angrenzen.

</p><p>Alternative Methoden sind z. B. <a href="Electrophoretic_Mobility_Shift_Assay" title="Electrophoretic Mobility Shift Assay">EMSA</a>, <a href="Chromatin-Immunpr%C3%A4zipitation" title="Chromatin-Immunpräzipitation">ChIP</a>, <a href="ChIP-on-Chip" title="ChIP-on-Chip">ChIP-on-Chip</a> oder <a href="ChIP-Seq" title="ChIP-Seq">ChIP-Seq</a>. Im Vergleich zu den <i>ChIP</i>-Methoden wird kein <a href="Antik%C3%B6rper" title="Antikörper">Antikörper</a> benötigt, jedoch kann eine Beteiligung <a href="Posttranslationale_Modifikation" title="Posttranslationale Modifikation">posttranslationaler Modifikationen</a> an der DNA-Bindung durch das Protein nicht überprüft werden. Da weiterhin nur DNA-Sequenzen nachgewiesen werden, bei denen die <i>Dam</i> war, und keine Protein-DNA-Interaktion direkt nachgewiesen wird, entstehen fehlerhafte Ergebnisse mit <a href="DNA-Klammer" title="DNA-Klammer">DNA-Klammer</a>-enthaltenden Proteinen wie die <a href="RNA-Polymerase" class="mw-redirect" title="RNA-Polymerase">RNA-Polymerase</a>, welche an der DNA keine feste Position aufweisen, sondern entlang der DNA gleiten. Es werden aufgrund der PCR nur DNA-Sequenzen zwischen zwei GATC-Sequenzen vervielfältigt. Der mittlere Abstand zwischen zwei aufeinander folgenden GATC-Sequenzen ist etwa 205 Basen in Drosophila (FlyBase release 5), 260 in Mäusen (Mm9) und 264 in Menschen (HG19). <a href="Transfektion" title="Transfektion">Transfizierte</a> <a href="Plasmid" title="Plasmid">Plasmide</a> sollten in Dam-negativen <i>E. coli</i>-Stämmen produziert werden, da bakteriell Dam-methylierte Sequenzen zu <a href="Falsch_positiv" class="mw-redirect" title="Falsch positiv">falsch positiven</a> Ergebnissen führen.

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>

/* start https://de.wikipedia.org/ */

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/* end https://de.wikipedia.org/ */

</style><a rel="nofollow" class="external text" href="https://web.archive.org/web/20180912204752/http://research.nki.nl/Vansteensellab/DamID_FAQ.htm">Frequently asked questions about DamID</a> (<span class="webarchiv-memento"><a href="Webarchivierung#Begrifflichkeiten" title="Webarchivierung">Memento</a></span> vom 12. September 2018 im <i><a href="Internet_Archive" title="Internet Archive">Internet Archive</a></i>)</li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>

<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text">van Steensel B, Henikoff S: <cite style="font-style:italic">Identification of in vivo DNA targets of chromatin proteins using tethered dam methyltransferase</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Nat. Biotechnol.</cite> 18. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>4</span>, April 2000, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>424–8</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1038/74487">10.1038/74487</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10748524?dopt=Abstract">PMID 10748524</a>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:DamID&rft.atitle=Identification+of+in+vivo+DNA+targets+of+chromatin+proteins+using+tethered+dam+methyltransferase&rft.au=van+Steensel+B%2C+Henikoff+S&rft.date=2000-04&rft.doi=10.1038%2F74487&rft.genre=journal&rft.issue=4&rft.jtitle=Nat.+Biotechnol.&rft.pages=424-8&rft.pmid=10748524&rft.volume=18.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">Germann S, Juul-Jensen T, Letarnec B, Gaudin V: <cite style="font-style:italic">DamID, a new tool for studying plant chromatin profiling in vivo, and its use to identify putative LHP1 target loci</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Plant J.</cite> 48. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>1</span>, Oktober 2006, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>153–63</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02859.x">10.1111/j.1365-313X.2006.02859.x</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16972870?dopt=Abstract">PMID 16972870</a>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:DamID&rft.atitle=DamID%2C+a+new+tool+for+studying+plant+chromatin+profiling+in+vivo%2C+and+its+use+to+identify+putative+LHP1+target+loci&rft.au=Germann+S%2C+Juul-Jensen+T%2C+Letarnec+B%2C+...&rft.date=2006-10&rft.doi=10.1111%2Fj.1365-313X.2006.02859.x&rft.genre=journal&rft.issue=1&rft.jtitle=Plant+J.&rft.pages=153-63&rft.pmid=16972870&rft.volume=48.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-3">↑</a></span> <span class="reference-text">Vogel MJ, Peric-Hupkes D, van Steensel B: <cite style="font-style:italic">Detection of in vivo protein-DNA interactions using DamID in mammalian cells</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Nat Protoc</cite>. 2. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>6</span>, 2007, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>1467–78</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1038/nprot.2007.148">10.1038/nprot.2007.148</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17545983?dopt=Abstract">PMID 17545983</a>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:DamID&rft.atitle=Detection+of+in+vivo+protein-DNA+interactions+using+DamID+in+mammalian+cells&rft.au=Vogel+MJ%2C+Peric-Hupkes+D%2C+van+Steensel+B&rft.date=2007&rft.doi=10.1038%2Fnprot.2007.148&rft.genre=journal&rft.issue=6&rft.jtitle=Nat+Protoc&rft.pages=1467-78&rft.pmid=17545983&rft.volume=2.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-4"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-4">↑</a></span> <span class="reference-text">Greil F, Moorman C, van Steensel B: <cite style="font-style:italic">DamID: mapping of in vivo protein-genome interactions using tethered DNA adenine methyltransferase</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Meth. Enzymol.</cite> 410. Jahrgang, 2006, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>342–59</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/S0076-6879%2806%2910016-6">10.1016/S0076-6879(06)10016-6</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16938559?dopt=Abstract">PMID 16938559</a>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:DamID&rft.atitle=DamID%3A+mapping+of+in+vivo+protein-genome+interactions+using+tethered+DNA+adenine+methyltransferase&rft.au=Greil+F%2C+Moorman+C%2C+van+Steensel+B&rft.btitle=Meth.+Enzymol.&rft.date=2006&rft.doi=10.1016%2FS0076-6879%2806%2910016-6&rft.genre=book&rft.pages=342-59&rft.pmid=16938559&rft.volume=410.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-5"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-5">↑</a></span> <span class="reference-text">Brooks J. E., Roberts R. J.: <cite style="font-style:italic">Modification profiles of bacterial genomes</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Nucleic Acids Res.</cite> 10. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>3</span>, 1982, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>913–34</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/nar%2F10.3.913">10.1093/nar/10.3.913</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6278441?dopt=Abstract">PMID 6278441</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC326211/">PMC 326211</a> (freier Volltext) – (<a rel="nofollow" class="external text" href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/10/3/913">oxfordjournals.org</a>).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:DamID&rft.atitle=Modification+profiles+of+bacterial+genomes&rft.au=Brooks+J.+E.%2C+Roberts+R.+J.&rft.date=1982&rft.doi=10.1093%2Fnar%2F10.3.913&rft.genre=journal&rft.issue=3&rft.jtitle=Nucleic+Acids+Res.&rft.pages=913-34&rft.pmc=326211&rft.pmid=6278441&rft.volume=10.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>

</li>

</ol></div><div><div class="zim-footer">

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